Uudessa Lastenlinnassa hoidettavat lapset olivat enimmäkseen yhteiskunnallisten vaikeuksien vuoksi hoitoa tarvitsevia kehityshäiriöisiä lapsia ja keskosia. Sairaalan yhteydessä oli myös Sophie Mannerheimin peruja äitikoti, jossa oli aluksi 17 äitiä lapsineen.
Osa äideistä toimi imettäjinä muillekin kuin omille lapsilleen. Lisäksi maitoa saatiin Lastensuojeluliiton Äidinmaitokeskuksesta, joka sai uudet tilat Lastenlinnasta. Osuusliike Elanto kuljetti edelleen 500 äidin keskukselle myymän maidon. Paulig Oy vastasi sen pakastamisesta. Äidinmaitokeskus myi ensimmäisenä vuona yli 11 000 litraa äidinmaitoa Lastenlinnaan ja muihin lastensairaaloihin ja hoitolaitoksiin. Suurin asiakas oli Lastenklinikka.
Ensimmäisenä kokonaisena toimintavuonna 1949 Lastenlinnassa hoidettiin 1 181 lasta yhteensä 49 143 hoitopäivänä. He olivat pääosin Uudeltamaalta, mutta myös muualta omasta maasta, Ruotsista ja yksi jopa Israelista.
Lastenlinnan lääketieteellinen johto pysyi samana, Arvo Ylppö ylilääkärinä ja Agnes Sinervo johtajattarena, kuten silloin sanottiin. Apulaisylilääkäreinä olivat Olli Somersalo ja Lea Jokelainen. Johtokunnan jäsenet olivat aluksi Mannerheimin Lastensuojeluliiton edustajia ja näiden lisäksi tuli vuodesta 1952 edustajia niistä kunnista, jotka lähettivät sinne potilaita.
Opetusta uudessa Lastenlinnassa
Lastenlinnan neuvola jatkoi maan ensimmäisen Toiselle linjalle halkokellariin perustetun neuvolan perinteitä. Neuvola siirtyi vuonna 1949 Helsingin kaupungin hallintaan vuonna 1943 säädetyn lain edellyttämällä tavalla. Uudet tilat olivat ihanteelliset ja juuri tätä toimintaa varten suunnitellut. Se oli edelleen lastenhoitaja- ja kätilöoppilaiden harjoituskenttänä.
Lastenlinnan hammashoitola avattiin 1950 omien potilaiden hoitamista varten. Vuosittain tarkastettiin vajaan viidensadan lapsen hampaat. Näistä hoitoa tarvitsi noin kolme sataa. Tarkastukseen ja hoitoon ohjattiin ensisijaisesti sellaisia lapsia, joita heidän sairautensa, kehitysvammansa tai syrjäisen kotipaikan vuoksi ei muuten ollut helppoa saada hammaslääkäriin.
